sa sa 5489
Сотрудник ИМББ находился в научной командировке в Институте эволюционной антропологии Макса Планка + Фото Июл 25, 2024 | 12:03 / Командировки

Научный сотрудник лаборатории популяционной геномики Института молекулярной биологии и биотехнологий МНО АР Рустамова Заринтадж с 23 июня по 21 июля 2024 года находилась с научной командировкой в Департаменте археогенетики Института эволюционной антропологии Макса Планка, в Лейпциге, Германия. Институт возглавляет профессор Паабо Сванте, - лауреат Нобелевской премии по физиологии и медицине 2022 года.  Следует отметить, что недавно был подписан Меморандум о сотрудничестве между Институтом молекулярной биологии и биотехнологий МНО АР и Институтом эволюционной антропологии Макса Планка.

Тренинг - курс проводил руководитель группы биоинформатики Института эволюционной антропологии Макса Планка, доктор Харальд Рингбауэр. Помимо выделения ДНК и секвенирования 25 образцов, принадлежащих к Кура-аразской, Ходжалы-кедабекской, Талыш-муганской, Лейлатапинской культурам, также был проведен биоинформатический анализ секвенированных образцов.

Антропологический материал является частью образцов, подлежащих изучению в рамках проекта MHAAM (Институт Макса Планка – Гарвардский исследовательский центр археологии Древнего Средиземноморья), который совместно разработан Гарвардским университетом и Институтом Макса Планка, а руководство проектом осуществляют директор отдела археогенетики проф. доктор Йоханнес Краузе и проф. Майкл Маккормик. 

 

Первоначально антропологические материалы были идентифицированы и помещены в базу данных института «Пандора». Затем, с помощью автоматической программы Eager оценивали качество результатов анализа последовательностей, удаляли адаптеры и определяли пол. После этого, были отобраны и повторно секвенированы образцы более высокого качества. Статистический анализ в основном проводился с использованием программ Bash Shell, написанных на языках программирования Python.

В ходе визита З..Рустамова ознакомилась с методом главных компонент (англ. principal component analysis, PCA). Кроме того, ей предоставили два года бесплатного доступа к базе данных Pandora. Она также присутствовала на митинге по обсуждению проекта MHAAM, состоявшемся 16 июня 2024 года, в качестве гостя и выступила с 20-минутной презентацией. Она трижды за время визита (10.07.2024, 11.07.2024, 15.07.2024) под руководством техника лаборатории кафедры археогенетики Бьянко Рафаэлы проходила практику в лаборатории фармацевтической компании EVER Pharma, находящейся в Йене, Германия, где проводятся исследования древней и современной ДНК. Здесь, с помощью роботов Agilent Technologies одновременно выполняются и выделение ДНК, и ее секвенирование. В отличие от классических методов, эта роботизированная технология помогает получить более эффективный результат в более короткие сроки. На следующем этапе образцы будут повторно секвенированы, и после получения результатов будет проведен анализ главных компонентов (PCA) и другие статистические анализы.