AzEnRu
ГлавнаяШахмурадов Илхам Аййуб оглы sa sa

 

                                           Шахмурадов Илхам Аййуб оглы                                                

 

Место рождения

Азербайджан, район Кубатлы

Дата рождения

01.01.1958

Образование

Азербайджанский Государственный Университет (Бакинский Государственный Университет)

Ученая степень

Доктор биологических наук

Ученое звание

---

Название кандидатской (PhD) диссертации:

-          шифр специальности,

-          наименование специальности

-          название темы

03.00.15 (27. 23.03)

Генетика                                             

«Теоретический анализ структурно-функциональной организации и эволюции дисперсных повторов геномов эукариот»

Название докторской диссертации:

-          шифр специальности,

-          название специальности

-          название темы

03.00.15 (27. 23.03)

Генетика

«Компьютерный анализ организации и экспрессии генов в геномах эукариот»

Избрание в члены-корр. НАНА:

-          дата

-          наименование специальности

 

30.06.2001

Биоинформатика

Общее количество опубликованных научных работ:

-          количество научных работ, опубликованных за рубежом:

-          количество статей, опубликованных в журналах, индексируемых и реферируемых в международных базах:

75

 

 

52

 

20

Количество авторских свидетельств и патентов

-

Подготовка кадров:

-          количество кандидатов наук

-          количество докторов наук

 

3

Основные научные достижения

1. В 1980-х годах путем сравнительного комплексного компьютерного анализа был открыт ряд особенностей строения и эволюции повторяющихся последовательностей ДНК человека, животных и растений и на основании этих результатов было выдвинуто предположение,  что повторяющиеся последовательности ДНК, составляющие большую часть геномов эукариот, могут участвовать в регуляции  транскрипции находящихся по соседству генов и частей геномов; правдивость этого предположения позднее была подтверждена большим количеством экспериментальных фактов.

2. Был создан ряд обладающих высокой точностью средств компьютерного анализа по поиску в геномах человека, животных и растений стартовых сайтов транскрипции  и регулирующих элементов, сайтов полиадениляции первичной мРНК – программ PromH, PromHP, TSSP-TCM, nsite, nsiteM, nsiteH и POLYAR, информационная база PlantProm по промоторам РНК полимеразыII (http://softberry.com; https://210.56.13.11/index.html).

3. Было обнаружено, что в ядерных геномах Arabidopsis и риса (Oryza sativa) в результате «непрерывной» (non-stop) совместной транскрипции расположенных «Хвост-к-Голове» (Tail-to-Head) соседних пар генов и последующего альтернативного сплайсинга и трансляции образованных транскриптов могут образоваться химерные полипептиды.

4. Выяснен спектр и масштаб распространения последовательностей ДНК пластидного и митохондриального происхождения в ядерном геноме ряда высших растений (арабидопсис, рис, виноград, черный тополь, кукуруза, соя), обнаружены факты, указывающие на экспрессию интактных ядерных экземпляров некоторых пластидных и митохондриальных генов.

5. Опытным путем определены транскрипционые стартовые сайты 6 видов, включая человека, на основе ~84000 последовательностей промоторов a) дана новая классификация промоторов РНК полимеразы II, состоящая из 3 классов (CpG, не-CpG/TATA и не-CpG/не-TATA) и определены их множественные типичные особенности, б) на основании этих знаний, применив способ статистического анализа нейронных сетей, был создан новый метод высокоточного поиска промотора - новая компьютерная программа TSShm.

6. С помощью TSShm и других компьютерных программ было выяснено, что для 650 из 702 генов (приблизительно 93%), связанных с заболеваниями рака, существует как минимум 1 потенциальный 2-направленный промотор.

Названия научных работ
  1. Shahmuradov IA, Mohamad Razali R, Bougouffa A, Radovanovich A, Bajic VB (2016) bTSSfinder: a novel tool for the prediction of promoters in Cyanobacteria and Escherichia coli. Bioinformatics, 2016 Sep 30, Epub ahead of print; DOI:10.1093/bioinformatics/btw629.
  2. Shahmuradov IA, Solovyev VV (2015) Nsite, NsiteH and Nsite Mcomputer tools for studying transcription regulatory elements. Bioinformatics, 31,3544-3545
  3. Shahmuradov IA, Abdulazimova A.U., Khan F.Z., Solovyev V.V., MustafayevN.Sh., AkbarovaY.Yu., Qamar R., Aliyev J.A. ThePlantProm DB: recentupdates. In: Proceddings of the 2012 International Conference on Biomedical Engineering and Biotechnology (iCBEB), 28-30 May 2012, Macau, China
  4. Solovyev VV, Shahmuradov IA, Salamov AA (2010) Identification of promoter regions and regulatory sites. In: Computational Biology of Transcription Factor Binding (Methods in Molecular Biology). Editor: IstvanLadunga. Springer Science+Business Media, Humana Press, 2010, 674, Chapter 5, DOI 10.1007/978-1-60761-854-6_5.
  5. Akhtar MN, Bukhari SA, Fazal Z, Qamar R, Shahmuradov IA (2010) POLYAR, a new computer program for prediction of poly(A) sites in human sequences. BMC Genomics, 11:646
  6. Shahmuradov IA, Abdulazimova A.U., Aliyev JA, Qamar R, Chohan S, Solovyev VV (2010) Mono- and Bi-Cistronic Chimeric mRNAs in Arabidopsis and Rice Genomes. Applied and Computational Mathematics, 9, 19-33
  7. Akbarova YA, Shahmuradov IA, Solovyev VV (2010) Possible Functional and Evolutionary Role of Plastid DNA Insertions in Rice. Applied and Computational Mathematics 2010, 9, 66-81
  8. Shahmuradov IA, Solovyev VV, Gammerman AJ (2005) Plant promoter prediction with confidence estimation. Nucleic Acids Research 33(3):1069-1076
  9. Shahmuradov IA, Gammerman AJ, Hancock JM, Bramley PM, Solovyev VV (2003). PlantProm: a database of plant promoter sequences. Nucl. Acids. Res. 31: 114-117
  10. Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003) PromH: promoters identification using orthologous genomic sequences. Nucl. Acids. Res., 31, 3540–3545
  11. Shahmuradov IA, AkbarovaYYu, Solovyev VV, Aliyev JA (2003) Abundance of plastid DNA insertions in nuclear genomes rice and Arabidopsis. Plant Molecular Biology, 52, 923-934
  12. Gordon L, ChervonenkisAYa, Gammerman A.J., Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003). Sequence alignment kernel for recognition of promoter regions. Bioinformatics, 19, 1964–1971
  13. Gordon L, ChervonenkisAYa, Gammerman AJ, Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003) In: “Advanced in Intelligent Data Analysis V”, Proceedings of 5th International Symposium on Intelligent Data Analysis (IDA 2003), Berlin, Germany, 2003 (Eds.:Merthold M.R., Lenz H-J., Bradley E., Kruse R., Borgelt C.), Springer, 2003, p. 386-3
  14. Shahmuradov IA, Akberova YY, Mustafayev NS.,Abdulazimova AU, Aliyev JA (2000) Computer analysis reveals a set of additional promoter elements upstream of maize plastid genes. In: Proceedings of The Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Novosibirsk, Russia, 2000, Part 1, p.142-144

 

  1. Mamedov AC, Shahmuradov IA, Suleymanova ZJ, Aliev JA (1998) Some peculiarities of Cicerarietinum chloroplast genome. In: "Photosynthesis: Mechanisms and Effects”. Budapest, Vol. IV, Kluwer Academic Publishers, Netherlands, 1998, 3039-3042
  2. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Phylogenetic analysis of Alu repeats. In: "Computer analysis of genetic macromolecules. Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 181-186
  3. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Evolutionary dynamics of the number of Alu repeats in Human genome. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules. Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 186-192
  4. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Computer simulation of Alu repeat evolution. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules. Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 192-196
  5. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Distribution of Alu repeats in the genome: cluster formation and specificities of insertion sites. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules. Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 197-205 Kapitonov VV, Shakhmuradov IA, Kolchanov NA (1989) Evolution of Alu repeats: Imitation model. Genetics (USSR/Russia), 25,1111-1118
  6. Shakhmuradov IA, Kapitonov VV, Kolchanov NA, Omelyanchuk LV (1989). Evolution of Alu repeats: Dynamics of propagation in genome. Genetics (USSR/Russia), 25, 1682-1689
  7. Kolchanov NA, Shakhmuradov IA, Kapitonov VV, Omelyanchuk LV (1988) Evolutionary aspects of the mammalian Alu repeats. Molecular Biology (USSR/Russia), 22, 1335-1344
  8. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shakhmuradov IA, Solovyev VV (1987) The existence of the sites homological to the regulatory site of heat-shock in mobile genetic elements. Genetics (USSR/Russia), 12, 2112-2119
  9. Bogachev SS, Blinov AG, Blinov VM, Gaidamakova EK, Kolesnikov NN, Kiknadze II, Shakhmuradov IA (1986) Some structural elements in DNA sequence from Balbiani ring of IV Chromosome of Chironomusthummi. Proceedings of Academy of Sciences of (former) USSR (now Russia), 288, 230-233
  10. Shakhmuradov IA, Kolchanov NA, Solovyev VV, Ratner VA (1986) Enhancer-like structures in middle repetitive DNA elements of eukaryotic genomes. Genetics (USSR/Russia), 22, 357-367

 

Членство в республиканских, международных и зарубежных научных организациях

Генеральный Секретарь Азербайджанского общества Биохимиков и Молекулярных Биологов

 

Член Азербайджанского Национального Комитета ЮНЕСКО «Биоэтика, Наука и Этика Технологий»

Педагогическая деятельность

Ведет курсы Биоинформатики для магистров в Институте молекулярной биологии и биотехнологий и Институте генетических ресурсов НАНА.

Прочая деятельность

Генеральный Секретарь Общества   Биохимиков и Молекулярных Биологов    Азербайджана.

Член Национального Комитета "Биоэтика,   Этика наук и технологий" при ЮНЕСКО

Премии и награды

Награжден медалью «Tарагги» (3 ноября 2015). 

Основное место работы и адрес

Институт Молекулярной Биологии и Биотехнологий НАНА, г.Баку, ул.Иззата Набиева,11

Должность

Заведующий лабораторией Биоинформатики

Служ. тел.

(+994 12) 510 22 23

Мобил. тел.

(+994 50) 384 24 96

Дом. тел.

(+994 12) 436 25 35

Факс

(+994 12) 510 22 23

Э-почта

ilhambaku@gmail.com

i.shahmuradov@imbb.az
© 2018 Институт Информационных Технологий НАНА