На общем собрании Национальной академии наук Азербайджана 30 июня 2014 года было принято решение об учреждении Института Молекулярной Биологии и Биотехнологии на базе отдела Фундаментальных Проблем Биологической Продуктивности института Ботаники НАНА, и институт начал свою независимую деятельность с 1 июля 2016 года. Отдел Фундаментальных Проблем Биологической Продуктивности был основан в 1971 году профессором Джалалом Алиевым и начал свою деятельность как группа. В 1974 году эта группа стала Лабораторией Молекулярных Основ Биоэнергетики в секторе Физико-Химической биологии. В 1983 году на его базе была создана Лаборатория Молекулярно-Генетических Основ Продукционных процессов, в которую вошли творческие группы: Биохимия фотосинтеза, Генная инженерия, Молекулярная организация фотосинтетического аппарата, Культура ткани, Фотохимия хлоропластов и Фотобиотехнология. В конце 1988 года эти группы стали независимыми лабораториями и на базе этих лабораторий был создан отдел Молекулярно-Генетических Основ Продукционных Процессов. В 2005-2010 гг. были созданы 4 новые лаборатории, и отдел был переименован в Отдел Фундаментальных Проблем Биологической Продуктивности. В 2012 году были созданы 2 международные лаборатории. В настоящее время в институте имеется 3 отделения, 5 международных лабораторий. Общее число сотрудников составляет 112 человек, в том числе 59 научных сотрудников, 1 академик, 3 члена корреспондента НАНА, 4 доктора наук, 23 кандидата биологических наук. Обучение в магистратуре проводится по 3 специальностям (молекулярная биология, биотехнология и биохимия).