AMEA Molekulyar Biologiya və Biotexnologiyalar İnstitutunun bir sıra beynəlxalq elmi-tədqiqat və tədris mərkəzləri ilə sıx əlaqələri vardır:
- Molekulyar Biologiya İnstitutu və Kembric Universiteti (Birləşmiş Krallıq);
- ABŞ Franhofer Molekulyar Biotexnologiya Mərkəzi və Delaver Universiteti;
- ABŞ Kənd Təsərrüfatı Departamenti (USDA) Kənd Təsərrüfatı Tədqiqatları Mərkəzi;
- Cənubi Koreya Pusan Milli Universiteti;
- Fransa Milli Kənd Təsərrüfatı Tədqiqatları İnstitutunun Bordo və Aviqnon Mərkəzləri;
- Fransa Tərəvəz Elmləri İnstitutu (CNRS)
- İtaliyanın Milli Tədqiqatlar Şurası Dayanıqlı Bitki Mühafizəsi İnstitutu;
- Türkiyənin Ankara, Mustafa Kemal Atatürk və Akdeniz universitetləri;
- Avstraliyanın Brisbon Universiteti;
- Rusiya EA-nın Biologiyanın Fundamental Problemləri və Bitki fiziologiyası institutları;
- Moskva Dövlət Universiteti;
- Ukrayna MEA Molekulyar Biologiya və Genetika, Hüceyrə Biologiyası və Genetik mühəndisliyi institutları;
- Ukrayna Milli Aqrar Elmləri Akademiyasının Seleksiya Genetikası İnstitutu;
- ABŞ-ın Emory Universitetinin Emerson Elmi Hesablamalar Mərkəzi
- İran İslam Respublikasının Tibb Elmləri Marageh Universiteti və Urmiya Universiteti
- ABŞ Minnesota Universiteti
- Almaniya DSMZ İnstitutu
- Almaniya Bonn Universiteti
